Как удалить HDF5 полностью?

Я хочу запустить скрипт Python, который использует модуль netCDF4. Поэтому я следовал инструкциям здесь: http://netcdf4-python.googlecode.com/svn/trunk/docs/netCDF4-module.html

по какой причине он не работает с установленной мной версией HDF5. Я установил последнюю версию (1.8.10) в свой домашний каталог. Но Python приходит с этой ошибкой:

$ import netCDF4
---------------------------------------------------------------------------
ImportError                               Traceback (most recent call last)
/user/timo/<ipython-input-2-f731da2de255> in <module>()
----> 1 import netCDF4
/user/timo/netCDF4.pyx in init netCDF4 (netCDF4.c:46771)()
ImportError: netCDF4 module must be linked against HDF5 version 1.8.4-patch1 or higher, got 1.8.10

поэтому я удалил папки для 1.8.10-версии (вручную) из моего домашнего каталога и установил 1.8.4-patch1. (Возможно '.10'-версия не совместима?)

но это не решит проблему. Ошибку, когда я запускаю скрипт на Python, все тот же. Вот почему я подумал, что где-то должно быть что-то из этого.10 '- версию я не удалял, поэтому искал 'hdf5':

4> sudo find / -name 'hdf5'
/user/timo/hdf5
/user/timo/Downloads/hdf5-1.8.4-patch1/windows/proj/hdf5

(в' /user/timo/hdf5 'установлена'1.8.4-patch1' -версия)

Я думаю, мой скрипт Python будет работать, после того, как я удалил '1.8.10' - версия полностью. Кто-нибудь может мне помочь?

(Я использую 'с Ubuntu 12.04.1 ЛЦ" и " вместо python2.7')

29
задан Timo
28.02.2023 5:59 Количество просмотров материала 3356
Распечатать страницу

2 ответа

Я определенно не эксперт, но, глядя на страницу netCDF4, которую вы связали, вам, вероятно, придется перестроить ее после установки более старой версии HDF5.

однако мне интересно, если вы создаете netCDF4 с флагами, которые перечислены в разделе "требуется", почему последняя версия не должна работать.

что значит export сказать? Правильно ли установлены переменные HDF5?

0
отвечен Giant Molecular Klaus 2023-03-01 13:47

Я хотел бы удалить как netCDF4 и HDF5, запустив

apt-get remove --purge python-netcdf hdf5

это также позволит уйти пакетов.

это может быть более безопасным:

dpkg -r python-netcdf hdf5
apt-get autoremove

с последующей переустановкой netCDF4 и зависимостей, используется наиболее из статьи для Ubuntu 14 LTS.

apt-get install git git-doc git-el git-email git-gui gitk gitweb git-arch git-bzr git-cvs git-mediawiki git-svn python python-dev python-pip libatlas-base-dev gcc gfortran g++ cython

это хорошо для того, чтобы избежать более поздних ошибок модуля scipy python [от www.scipy.org ]

apt-get install python-numpy python-scipy python-matplotlib ipython ipython-notebook python-pandas python-sympy python-nose

(re)установить zlib библиотека:

ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/netcdf-4/zlib-1.2.8.tar.gz
cd /home/user/Downloads
tar xvzf zlib-1.2.8.tar.gz
cd zlib-1.2.8
./configure 
make 
make install

(re)установить curl:

apt-get install curl

(пере)установить HDF5:

ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/netcdf-4/hdf5-1.8.9.tar.gz
cd /home/user/Downloads 
tar xvzf hdf5-1.8.9.tar.gz
cd hdf5-1.8.9
./configure --prefix=/usr/local --enable-shared --enable-hl
make -j 2
make install

(пере)установить netCDF4:

ftp.unidata.ucar.edu/pub/netcdf/netcdf-4.3.2.tar.gz
cd /home/user/Downloads
tar xvzf netcdf-4.3.2.tar.gz
cd netcdf-4.3.2

LDFLAGS=-L/usr/local/lib CPPFLAGS=-I/usr/local/include ./configure --enable-netcdf-4 --enable-dap --enable-shared --prefix=/usr/local
make -j 2
make install
make check

и, наконец, модуль netCDF4

pip install netcdf4

теперь python "import netCDF4" должен работать

0
отвечен fometeo 2023-03-01 16:04

Постоянная ссылка на данную страницу: [ Скопировать ссылку | Сгенерировать QR-код ]

Ваш ответ

Опубликуйте как Гость или авторизуйтесь

Имя
Мы используем cookie. Это позволяет нам анализировать взаимодействие посетителей с сайтом и делать его лучше. Продолжая пользоваться сайтом, вы соглашаетесь с использованием файлов cookie. Политика конфиденциальности
Согласен
Вверх