Как можно поддерживать VPN-подключение после закрытия порта?

теперь обычно используется брандмауэр statefull. Это позволяет фильтровать новое (первое) соединение и установленный (принадлежащий известным соединениям) пакет отдельно.

сначала просто разрешить любое исходящее соединение (с двунаправленной передачей пакетов данных), в то время как входящие соединения по-прежнему отключены.

Так если порт открытый для нового соединения длиной достаточно для того чтобы установить соединение. Далее это соединение сохраняет рабочие правила для пакетов со статусом = "установлено".

пример простой современный межсетевой экран: https://wiki.archlinux.org/index.php/simple_stateful_firewall#Example_iptables.rules_file

/etc/iptables/iptables.rules

# Generated by iptables-save v1.4.18 on Sun Mar 17 14:21:12 2013
*filter
:INPUT DROP [0:0]
:FORWARD DROP [0:0]
:OUTPUT ACCEPT [0:0]
:TCP - [0:0]
:UDP - [0:0]
-A INPUT -m conntrack --ctstate RELATED,ESTABLISHED -j ACCEPT
-A INPUT -i lo -j ACCEPT
-A INPUT -m conntrack --ctstate INVALID -j DROP
-A INPUT -p icmp -m icmp --icmp-type 8 -m conntrack --ctstate NEW -j ACCEPT
-A INPUT -p udp -m conntrack --ctstate NEW -j UDP
-A INPUT -p tcp --tcp-flags FIN,SYN,RST,ACK SYN -m conntrack --ctstate NEW -j TCP
-A INPUT -p udp -j REJECT --reject-with icmp-port-unreachable
-A INPUT -p tcp -j REJECT --reject-with tcp-reset
-A INPUT -j REJECT --reject-with icmp-proto-unreachable
COMMIT
# Completed on Sun Mar 17 14:21:12 2013