"системный трей synergy недоступен, выход"

Это происходит, когда вы запускаете его до того, как в системном лотке был шанс инициализировать. Просто переместите его позже в вашей конфигурации, или поставить сон в сценарии запуска ждать пару секунд, прежде чем пытаться начать.

кроме того, я ненавижу эту проблему при использовании Cairo Dock, потому что у меня не было системный трей включен. Так что убедись, что это не ты тоже.