Синхронизация вертикальной прокрутки между двумя окнами

Я предлагаю вам использовать AutohotKey для этого. Тогда вы можете попробовать

1. прослушать событие MouseWheel в любом приложении (Reader, Safari)
2. переключить фокус на другое приложение, отправить событие колесико мыши
3. вернуться

Я надеюсь, что это достаточно быстро, чтобы появиться "seemless"

[EDIT]

вот сценарий, который я сделал после этого ответа:

WheelDown::
SetTitleMatchMode, 2
IfWinActive, SafariTitle ; Replace 'SafariTitle' by the title of the safari windows
{
        CoordMode, Mouse, Screen
        WinGet, active_id, ID, A
        IfWinExist, Adobe
        {
                Send {WheelDown}
                WinActivate ; Automatically uses the window found above.
                Send {WheelDown}
                Send {WheelDown}
                WinActivate, ahk_id %active_id%
        }
}
Else
{
        Send {WheelDown}
}
return

WheelUp::
SetTitleMatchMode, 2
IfWinActive, SafariTitle ; Replace 'SafariTitle' by the title of the safari windows
{
        CoordMode, Mouse, Screen
        WinGet, active_id, ID, A
        IfWinExist, Adobe
        {
                Send {WheelUp}
                WinActivate ; Automatically uses the window found above.
                Send {WheelUp}
                Send {WheelUp}
                WinActivate, ahk_id %active_id%
        }
        }
        Else
        {
                Send {WheelUp}
        }
return