Как открыть программу из системного трея через.летучая мышь

Это не было бы выполнимо с помощью собственных команд пакетного файла без вызова других приложений и добавления дополнительной сложности (при условии, что есть инструменты командной строки, которые предлагают функциональность. Это можно сделать с помощью Powershell (при условии, что в ОС, в которой вы хотите запустить Powershell, установлена и включена правильная политика выполнения).)

вы можете сделать это с помощью AutoIt или AutoHotkey скрипт, как оба имеют поддержку этого типа функциональности и при желании можно сопоставить сценарий комбинации клавиш.

поскольку вы предпочитаете что-то родное для ОС, Powershell может быть выходом вперед.