есть ли недостатки в использовании NTFS для linux?

да. NTFS не оптимизирована для среды linux. Кроме того, файловая система является собственностью Microsoft, и с закрытым исходным кодом... и Microsoft оставляет за собой право изменять свою файловую систему в любое время без предварительного уведомления. Большинство реализаций в Linux опираются в основном на реверс-инжиниринговую информацию и ограниченную информацию, почерпнутую непосредственно от Microsoft о том, как правильно ее реализовать. Многие оптимизации в Windows под Linux также просто отключены из-за отсутствия поддержки или понимания того, как их правильно реализовать. Имея это в виду, всегда есть изменение случайного бита кода, записывающего плохие биты данных на том, что приводит к необратимому повреждению файловой системы. Это очень похоже на усилия сделать ext2 файловые системы, доступные в Windows. В лучшем случае это рискованно. Я бы честно предложил использовать EXT2 в Windows вместо NTFS в linux, просто потому, что EXT2 очень хорошо документирован, и поддерживаемый.