Помощью WinSCP влияет на разрешение и на замену

Я предполагаю, что у вас возникли проблемы, потому что WinSCP удаляет существующие файлы перед загрузкой новых - что никогда не должно произойти если у вас нет прав на запись старого файла, и в этом случае удаление и замена-единственный способ для WinSCP загрузить ваши файлы.

при создании нового файла в Linux основной группой создателя будет группа файлов¹, и разрешения будут расчитываться² используя (0666 & ~umask). Владелец может изменять разрешения, но может только изменить группу файла в группу, к которой он сам принадлежит.

в случае веб-сайта, я обычно устанавливаю setgid немного в каталогах, так что все файлы, которые я создаю внутри, становятся собственностью этой группы:

sudo chown -R :www-data public_html/
find public_html/ -type d -exec chmod g+s {} \;

если в файловой системе сервера включены списки управления доступом, можно также указать разрешения по умолчанию для группы:

setfacl -Rdm g::rX public_html

или вы смогли прыгнуть шаги" setgid "и" chgrp", и как раз назначьте группе разрешения по умолчанию:

setfacl -Rm g:www-data:rX public_html
setfacl -Rdm g:www-data-rX public_html

(команды с -d set по умолчанию разрешения.)

1. если в каталоге нет setgid bit, в результате чего вновь созданные файлы наследуют группу каталога.
2. можно изменить с помощью списков ACL по умолчанию для каталога.

необходимо настроить WinSCP так, чтобы он не передавался во временный файл (который затем переименовывается в имя целевого файла). Затем WinSCP будет напрямую записывать данные в целевой файл и сохранять разрешения и права собственности нетронутыми.

перейти к Prefereces > передача > выносливость > включить передачу во временное имя файла.