uname-a дает неправильную версию ядра в gentoo?

вы должны управлять символической ссылкой ядра, как упоминал Майк Нельсен, но gentoo предоставляет для этого оболочку eselect, точно так же, как они позволяют управлять системными версиями gcc/ruby/python/java/rails/opengl/etc. реализации, если установлено несколько слотов.

в вашем случае все исходные коды ядра установлены (проверьте /usr/src и вы увидите версионный каталог для каждого там, плюс символическую ссылку, которая указывает на текущее значение по умолчанию,/usr/src/linux). Как правило, вы будете строить из каталога symlink, и лучше всего держать это в курсе, так как именно там portage проверяет параметры конфигурации ядра для ебилдов, которые требуют их и так далее.

eselect kernel show   # will show you the current symlink value, this should match uname -a
eselect kernel list   # should show all installed kernel sources
eselect kernel set x  # will update the symlink, either by number (from list), or full name

кроме того, вы можете установить symlink использовать флаг в /usr/portage/package.use для gentoo-sources (или любых других источников ядра, которыми вы управляете с помощью portage), чтобы символическая ссылка автоматически обновлялась при появлении новой версии, хотя, если это так, вы должны знать об этом и убедиться, что вы строите и устанавливаете новое ядро после каждого появления, что слишком часто на мой вкус, но YMMV.

nb. Этот метод работает только для portage (или paludis/pkgcore/etc.) package managed kernel sources - если у вас есть репозиторий git в $HOME или что - то в этом роде, eselect, очевидно, не подхватит его-это по дизайну, так как ваш bleeding edge или локально исправленный checkout обычно не предназначен для ядра системы.