Различие между вещами в /bin и /usr/Бен

Википедия достойное объяснение. Из этой статьи:

• /bin: "основные двоичные файлы команд, которые должны быть доступны в однопользовательском режиме; для всех пользователей, например, cat, ls, cp."
• /usr/bin: "необязательные двоичные файлы команд (не требуются в однопользовательском режиме); для всех пользователей."

$ man hier

содержит хорошее описание иерархии файловой системы

в старые времена для маленьких дисков было обычным иметь /bin на загрузочном диске и /usr/bin на отдельном диске (иногда даже на общем сетевом диске). /bin будет содержать все необходимое для загрузки системы или исправления, если /usr/bin не удалось смонтировать по какой-либо причине. Это еще одна из тех исторических катастроф, которая сегодня не имеет такого смысла.

различие простое:

/bin где системные файлы хранятся (чаще всего эти файлы принадлежат корня), тогда как /usr/bin - обычное место для двоичных файлов, используемых обычными пользователями, не являющимися root. Это также общее место для хранения двоичных программ, которые были построены компилятором для использования другими пользователями.