ограничение скорости чтения жесткого диска для программы c++

Не уверен в аппаратных или ОС конкретных решений... Но очевидные скачки (простите за грубую реализацию):

const long long maxBytesPerSec = 1048576;
static long long bytesRead = 0;
static long long secondsElapsed = 1;

istream & ReadBytesThrottled( istream & s, char * buffer, long long bytesToRead )
{
    while( (bytesRead+bytesToRead) / secondsElapsed > maxBytesPerSec ) {
        // Wait and update secondsElapsed
    }
    s.read(buffer, bytesToRead);
    if( s.good() ) bytesRead += bytesToRead;
    return s;
}

void ResetThrottle()
{
    bytesRead = 0;
    secondsElapsed = 1;
}

Это только если Вы читаете кусками. Я полагаю, вы могли бы вывести из потока и перегрузить соответствующие методы. Начинает немного раздражаться. Но это простой и быстрый обходной путь, если вы не можете найти решение более низкого уровня.