Скрыть файлы в windows server на основе разрешений пользователя

да в некоторой степени. Каталоги имеют разрешение "список содержимого папки", который может быть использован, чтобы скрыть файлы, содержащиеся внутри. Для файлов вы можете остановить чтение данных файла, отказав в разрешении "чтение", но чтобы скрыть само существование отдельных файлов, вам нужно вернуться к не очень полезному "скрытому" атрибуту, который не связан с какой-либо формой разрешений и легко отключается/работает.