Когда вы должны установить переменные пути в" пользовательских переменных "против" системных переменных"?

Это зависит от варианта использования. Как заявил @Oliver Salzburg, системные переменные влияют на каждый сервис для каждого пользователя. Например, это необходимо при выполнении запланированной задачи в контексте другого пользователя.

Если вы просто пытаетесь запустить пакетные скрипты в качестве пользователя, пользовательские переменные-отличное место. На других пользователей это не повлияет.

вы должны быть осторожны при изменении этой переменной полностью, потому что некоторые вещи в системе могут сломаться, потому что путь к некоторые необходимые binarys не нашли.