существует два основных вида дистрибутивов Linux. Дистрибутивы Debian и Red Hat составляют большую часть дистрибутивов.
основное различие между ними-управление пакетами. Если они основаны на Debian, они, скорее всего, используют систему dpkg& apt/deb; если это система Red Hat, она, скорее всего, использует yum/rpm. Многие дистрибутивы всплывают, потому что кто-то был недоволен управлением пакетами, поэтому у большинства будет какая-то форма графический интерфейс, который отличается, но базовая система такая же.
Если вы научитесь использовать apt-get и yum, вы охватите 80% дистрибутивов и 99% систем, с которыми вы, скорее всего, столкнетесь.
каждый дистрибутив будет делать что-то немного другое с оконным менеджером. Большинство крупных дистрибутивов выбирают между KDE и Gnome, при этом Gnome кажется популярным на данный момент. Однако самое замечательное в Linux то, что вы можете изменить окно менеджер, если хотите (go Window Maker!).
Если вы изучите командную строку, разницы не будет "много", но изменения GUI между дистрибутивами определенно повлияют на ваш выбор. Кроме того, некоторые дистрибутивы поставляются с драйверами, которые облегчат работу с определенным оборудованием, например видеокартами.
рекомендую Linux Mint для домашних систем и ванильного Debian, Ubuntu (server edition) или CentOS для серверов.