Как синхронизировать два экземпляра виртуальной машины, которые будут использоваться на разных компьютерах?

используя rsync для двунаправленных операций трудно; я бы предложил вам посмотреть на unison в качестве альтернативы. Он будет работать в обоих направлениях, и сказать вам, что он собирается делать, прежде чем делать это, а также обнаружить файлы манипулируют одновременно с обеих сторон.

запуск синхронизации вне виртуальной машины приведет к описанным проблемам. Результаты при запуске внутри виртуальной машины будут сильно зависеть от что вы синхронизации.

• синхронизация вашего дома каталог не должен быть проблемой вообще, и должен синхронизировать большую часть вашей повседневной работы, я полагаю.
• синхронизация данных диспетчера пакетов будет иметь смысл, только если вы выполните полную синхронизацию почти всего, возможно, с несколькими хорошо продуманными исключениями. В двунаправленной синхронизации это почти всегда приведет к конфликту, поэтому я бы посоветовал это только для подхода в стиле rsync.
• синхронизация /etc а также ваш дом должен синхронизировать большинство Данные конфигурации и по-прежнему мало влияют на работу диспетчера пакетов. Но если вы установите какое-то программное обеспечение на одной виртуальной машине, вам придется вручную установить его и на другой, и, вероятно, следует синхронизировать только после делаешь так, в случае обновления изменились некоторые файл config.