У меня есть набор PDF-файлов с шрифтами в кодировке Identity-H, что означает, что показанные символы не соответствуют их кодам, но между ними есть взаимно однозначное соответствие.
Так, в основном это проблема отображения. На вопросы, существуют ли бесплатные инструменты (любая ОС) для ручной или полуавтоматической коррекции карты шрифтов в PDF, желательно для терминала, но интерфейс тоже будет приемлемо.
здесь Infix PDF editor для Windows, которая имеет опцию "переназначить шрифты" (см. ниже), но это за деньги и не имеет возможности сохранить результаты переназначения в формате PDF.