Есть ли способ создать ярлык на рабочем столе в Windows CE?

вы должны вручную создать файл ярлыка (.ЛНК) с помощью блокнота, путем подсчета общего количества символов в пути к вашему .exe файл (включая пробелы и косые черты), то содержимое файла должно быть таким:

(total number of characters)#(path to exe file)

тогда вы сохраните его.

дополнительные сведения: https://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms861519.aspx