@CodesinChaos комментарий верен:
TrueCrypt поддерживает только шифрование системного раздела/диска (не спрашивайте меня почему).
Так что если у вас есть окна, установленные в системе, и хотите зашифровать диск C:, который будет включать в себя операционную систему, установленные программы и данные, сохраненные в C:\Users, вы можете сделать это без потери данных или программ.
Если у вас есть внешний диск, второй внутренний жесткий диск, или отдельный раздел на том же физическом диске, на котором живет ваш диск C:, и вы хотите зашифровать это, вам нужно сначала скопировать данные, настроить их с помощью Truecrypt, а затем скопировать данные обратно после их монтирования с помощью Truecrypt.
Truecrypt не выполняет шифрование системных разделов в Linux, поэтому вы находитесь в той же ситуации, что и второй абзац выше.
Linux имеет свой собственный встроенный полное шифрование диска на некоторое время (dm-crypt / LUKS), так что тот факт, что вы не можете сделать Truecrypt full-disk или шифрование системного диска под Linux не имеет большого значения. Debian и Ubuntu могут настроить шифрование полного диска во время установки. Я не знаю никаких инструментов "шифрования на месте" для Linux (там могут быть некоторые).