Как использовать Zotero+Zotfile, чтобы переименовать все pdf файлы в каталоге?

Это не совсем ясно, что вы хотите сделать

Я хочу, чтобы Zotfile переименовать все мои PDF-файлы, которые я сохраняю в определенной папке

Что вы подразумеваете под "сохранить в каталог"? Вы ищете функциональность "наблюдаемой папки" (т. е. автоматически импортировать PDF-файлы из определенного каталога и переименовывать их на основе метаданных)?

остальная часть вашего вопроса, похоже, подразумевает, что вы просто хотите переименовать PDF-файлы, которые уже импортируется в Zotero и прикрепляется к элементам Zotero (т. е. имеет метаданные), поэтому я отвечу на эту часть.

после установки ZotFile (в качестве дополнения Firefox при использовании Zotero для Firefox или в качестве автономного дополнения Zotero в противном случае), откройте Настройки ZotFile через меню передач. На вкладке правила переименования заполните параметры по своему вкусу. Не выбирайте использовать Zotero для переименования. Выберите элементы с вложениями, которые вы хотите переименовать, или выберите вложения напрямую, щелкните правой кнопкой мыши выберите, перейдите в управление вложениями и нажмите переименовать вложения. Вложения будут переименованы.

этой не будет двигаться вложения. Они останутся в папке Zotero "storage" (при условии, что это не связанные вложения). Если вы хотите также переместить файлы в другую папку, вы можете использовать функцию ZotFile "отправить на планшет", которая по существу перемещает выбранные вложения в указанную папку. Настройки для этого можно найти в ZotFile Настройки - > Настройки Планшета.

обратите внимание, что изменение параметров переименования ZotFile не влияет на встроенную систему переименования вложений Zotero. Это контролируется с помощью "attachmentRenameFormatString"скрытые предпочтения