Почему winrar дублирует весь архив при добавлении

Он делает это, потому что по умолчанию WinRar работает как то, что известно как "сплошной архив", в том, что файлы для сжатия сортируются и сжимаются в виде одного потока, чтобы найти повторяющиеся данные на файлы а не просто в отдельные файлы.

для того, чтобы сжать любые новые файлы в твердом архиве сначала необходимо обработать весь архив для того, чтобы построить словарь сжатия, который используется для сжатия файлов и вставить новый файл в поток данных. Это означает эффективное распаковывание и повторное сжатие архива.

Если вы не хотите, чтобы это поведение, то вам нужно отключить опцию "solid archive", который будет сжимать файлы по отдельности и позволяют файлы просто быть сжаты и добавлены в конце архива. Это имеет недостаток не поиска сжимаемых данных, которые дублируются между входными файлами и поэтому увеличит размер архива, особенно если у вас есть файлы которые являются точными копиями.

У вас есть выбор: скорость сжатия при добавлении новых файлов или наилучшая степень сжатия.