MSysGit добавляет префикс cygwin в пути, отличные от cygwin, а затем не может найти свой текущий каталог

У меня был git Cygwin установлен на моей машине Windows 7 64 бит, и он работает нормально. Тем не менее, я обнаружил, что хочу иметь возможность использовать git из программ, отличных от Cygwin (в частности, Windows Vim). Таким образом, я установил MSysGit, который отлично подходит для программ Windows, но полностью не работает, потому что он добавляет префикс Cygwin к каждому пути, к которому он прикасается, а затем жалуется, когда не может найти репозиторий git. Вот пример запуска в Git Bash:

user@LT ~/vimfiles (master)
$ ls -a
.   .git        .gitmodules  README.md  autoload  colors  vimrc
..  .gitignore  .netrwhist   UltiSnips  bundle    syntax  vimundo

user@LT ~/vimfiles (master)
$ git status
fatal: Not a git repository: /cygdrive/c/Users/user/vimfiles/.git/modules/bundle/fugitive

user@LT ~vimfiles (master)
$ pwd
/c/Users/user/vimfiles

Как я могу исправить ситуацию, чтобы MSysGit перестал ломать себя и начал использовать правильные пути?