Как обновить пакет на Gentoo Linux

это то, что вам нужно прочитать,введение в portage менеджер пакетов в Gentoo.

обновить все (включая зависимости и изменения use-флагов), то

emerge -avDuN world

обновить отдельный пакет (опять же обращая внимание на зависимости и т. д.):

emerge -avDuN <package-name>

базовое обновление без проверки наличия обновлений зависимостей будет

emerge -avu <package-name>

на -a означает "спросить", что для подтверждения, и -v означает "многословный", чтобы дать больше информации о том, что он делает.