Похожие вопросы

команда баш на Mac терминал не работает

Я пытался установить blastn на моем mac, но, делая испортил мою команду bash я думаю (не специалист...)

- using the nano command nano ~/.profile
- i`ve changed my PATH; export PATH=/Users/YourName/blast-2.2.22/bin:${PATH}
- now i can not run any command anymore in the terminal (also other shell)

- bash: экспорт:`/Users/Tom/ncbi-blast-2.6.0+/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt/X11/bin:/usr/local/ncbi/blast/bin': недопустимый идентификатор

поскольку я не специалист, я застрял, как изменить вещи обратно...

5
задан fixer1234
источник

3 ответов

три шага: Во-первых, вы, наверное может запускать команды из терминала. Вы просто каким-то образом испортили свой путь поиска. Но вы еще можете запустить программу, указав полный путь.

Е. Г. /usr/local/bin/bash все равно начнет bash, даже если /usr / local/ bin / не находится в пути поиска. (измените путь, я не имею понятия, где OS X магазинах Баш по умолчанию. Я просто использовал место, где bash находится на FreeBSD).

Да, да, вы можете запускать команды. А вы может использовать эти команды, чтобы исправить ситуацию.



Во-вторых, вам может не понадобиться искать все пути. Установка нового пути для текущей оболочки должна быть такой же простой, как ввод export PATH="/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin" и нажать введите или return. Это только temporaily для открытой оболочки, но это сделает восстановление намного проще.



В-третьих, попробуем найти ошибку и навсегда ее исправить.

сообщение об ошибке вполне четкий. Цитирую свой пост: export: /Users/Tom/ncbi-blast-2.6.0+/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt/X11/bin:/usr/local/ncbi/blast/bin': not a valid identifier

где-то в ваших правках ошибка. Откройте .снова создайте профиль, временно восстановив пути (см. раздел 2) или указав полный путь.

если у вас есть резервный файл, восстановите его. Если не искать записи, как это:

PATH=/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/usr/local/mysql/bin:$PATH или

`Путь="$путь:/newfoldertosearch"

найдите свои собственные изменения. Удалите их (или раскомментируйте, поместив # перед ними, а затем попробовать чтобы найти ошибку. Это может быть так же просто, как иметь ; вместо :. Другие легко пропустить вещи-это пробелы или непечатаемые символы.

при редактировании не закрывайте текущую оболочку. Держите известный рабочий (или известный временно восстановленный) открытым и тестируйте во второй оболочке. Это хорошая практика для любых изменений в вашем профиле.





PS: знак плюс в конце ncbi-blast-2.6.0+ в некотируемой строке может иметь место, но у меня нет OSX для тестирования.

0
отвечен Hennes 2017-01-10 15:44:47
источник

это должно сбросить переменную PATH к значению по умолчанию и заставить ваши команды работать снова:

PATH=$(getconf PATH)

затем, вместо того, чтобы использовать

export PATH=/Users/YourName/blast-2.2.22/bin:${PATH}

использование:

export PATH="$HOME/blast-2.2.22/bin:${PATH}"

наконец, предполагая, что вы добавляете определение пути к .profile или .bashrc, вы можете проверить, выполнив bash -l. Это вызовет bash как подоболочку, но он будет работать так, как если бы вы вошли в систему. Вы можете проверить, если изменения работают, как вы хотите, а затем введите exit, чтобы завершить эту ячейку и вернуться к исходной оболочке входа.

0
отвечен Greg Tarsa 2017-01-10 15:45:26
источник
  • теперь я больше не могу запускать какие-либо команды в терминале (также в другой оболочке)

эта часть вашей проблемы происходит со мной, так что я сделал:

1) ввода export PATH="/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin" в терминал, чтобы он временно работал

2) редактирование bash_profile, набрав /usr/bin/open ~/.bash_profile -a TextEdit

3) Когда я открыл свой файл bash_profile я понял последняя строка export посмотрел действительно грязный с некоторым странным символы, так что я полностью canged его export PATH=/opt/local/bin:/opt/local/sbin:$PATH

Я абсолютно новичок в этом, но мне удалось получить эти шаги, читая фрагменты решений из разных вопросов на SE, поэтому надеюсь, что это может помочь кому-то другому.

0
отвечен Paula Hasstenteufel 2017-11-02 09:46:59
источник

Другие вопросы .bash-profile bash macos terminal