команда баш на Mac терминал не работает
Я пытался установить blastn на моем mac, но, делая испортил мою команду bash я думаю (не специалист...)
- using the nano command nano ~/.profile
- i`ve changed my PATH; export PATH=/Users/YourName/blast-2.2.22/bin:${PATH}
- now i can not run any command anymore in the terminal (also other shell)
- bash: экспорт:`/Users/Tom/ncbi-blast-2.6.0+/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt/X11/bin:/usr/local/ncbi/blast/bin': недопустимый идентификатор
поскольку я не специалист, я застрял, как изменить вещи обратно...
3 ответов
три шага: Во-первых, вы, наверное может запускать команды из терминала. Вы просто каким-то образом испортили свой путь поиска. Но вы еще можете запустить программу, указав полный путь.
Е. Г. /usr/local/bin/bash
все равно начнет bash, даже если /usr / local/ bin / не находится в пути поиска. (измените путь, я не имею понятия, где OS X магазинах Баш по умолчанию. Я просто использовал место, где bash находится на FreeBSD).
Да, да, вы можете запускать команды. А вы может использовать эти команды, чтобы исправить ситуацию.
Во-вторых, вам может не понадобиться искать все пути. Установка нового пути для текущей оболочки должна быть такой же простой, как ввод export PATH="/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin"
и нажать введите или return. Это только temporaily для открытой оболочки, но это сделает восстановление намного проще.
В-третьих, попробуем найти ошибку и навсегда ее исправить.
сообщение об ошибке вполне четкий. Цитирую свой пост: export: /Users/Tom/ncbi-blast-2.6.0+/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt/X11/bin:/usr/local/ncbi/blast/bin': not a valid identifier
где-то в ваших правках ошибка. Откройте .снова создайте профиль, временно восстановив пути (см. раздел 2) или указав полный путь.
если у вас есть резервный файл, восстановите его. Если не искать записи, как это:
PATH=/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/usr/local/mysql/bin:$PATH
или
`Путь="$путь:/newfoldertosearch"
найдите свои собственные изменения. Удалите их (или раскомментируйте, поместив #
перед ними, а затем попробовать чтобы найти ошибку. Это может быть так же просто, как иметь ; вместо :. Другие легко пропустить вещи-это пробелы или непечатаемые символы.
при редактировании не закрывайте текущую оболочку. Держите известный рабочий (или известный временно восстановленный) открытым и тестируйте во второй оболочке. Это хорошая практика для любых изменений в вашем профиле.
PS: знак плюс в конце ncbi-blast-2.6.0+ в некотируемой строке может иметь место, но у меня нет OSX для тестирования.
это должно сбросить переменную PATH к значению по умолчанию и заставить ваши команды работать снова:
PATH=$(getconf PATH)
затем, вместо того, чтобы использовать
export PATH=/Users/YourName/blast-2.2.22/bin:${PATH}
использование:
export PATH="$HOME/blast-2.2.22/bin:${PATH}"
наконец, предполагая, что вы добавляете определение пути к .profile
или .bashrc
, вы можете проверить, выполнив bash -l
. Это вызовет bash как подоболочку, но он будет работать так, как если бы вы вошли в систему. Вы можете проверить, если изменения работают, как вы хотите, а затем введите exit
, чтобы завершить эту ячейку и вернуться к исходной оболочке входа.
- теперь я больше не могу запускать какие-либо команды в терминале (также в другой оболочке)
эта часть вашей проблемы происходит со мной, так что я сделал:
1) ввода export PATH="/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin"
в терминал, чтобы он временно работал
2) редактирование bash_profile, набрав /usr/bin/open ~/.bash_profile -a TextEdit
3) Когда я открыл свой файл bash_profile я понял последняя строка export
посмотрел действительно грязный с некоторым странным символы, так что я полностью canged его export PATH=/opt/local/bin:/opt/local/sbin:$PATH
Я абсолютно новичок в этом, но мне удалось получить эти шаги, читая фрагменты решений из разных вопросов на SE, поэтому надеюсь, что это может помочь кому-то другому.
Другие вопросы .bash-profile bash macos terminal